Aquaponický způsob pěstování zeleniny a chovu ryb výrazně snižuje spotřebu vody oproti konvenčním způsobům hospodaření, eliminuje používání pesticidů a umožňuje lepší kontrolu produkce. Na druhé straně mince se však nachází zvýšená spotřeba energie na provoz aquaponické farmy. To platí zejména u farem umístěných ve vnitřních prostorech, kde je nutný osvit pěstební části aquaponické farmy.
V poslední době bylo vyvíjeno nemalé úsilí spotřebu energie v aquaponických systémech monitorovat a následně optimalizovat. Optimalizaci energetického hospodářství farmy lze provést jak snižováním spotřeby energie, tak modernizací výroby energie ve prospěch nízkoemisních zdrojů, z nichž některé již byly představeny v rámci článku Potenciální integrace aquaponie s dalšími systémy. Výsledkem optimalizačního procesu je pak aquaponie, která dominuje nad konvenčním způsobem pěstování zeleniny nejen na poli úspory vody a eliminace pesticidů, ale také jako bezemisní způsob produkce potravin, bez spotřeby pohonných hmot potřebných v konvenčním zemědělství na provoz farmy.